In der Nacht vom 5. auf den 6.September 1634 setzten zwei Fähnriche der sich nach der Schlacht bei Nördlingen zurückziehenden, für Schweden kämpfenden Armee Bernhards von Sachsen zwei Pulverwagen in Brand, um das Kriegsmaterial angesichts bereits in die Stadt eingerückter kroatischer Soldaten nicht dem Feind zu überlassen und dessen Vormarsch zu behindern. Die Folge war ein Stadtbrand, der in seinem Ausmaß unterschiedlich beurteilt wird. Nach der Darstellung aus dem 17. Jahrhundert fielen die Kirche und alle Gebäude der Stadt außer dem Schwörturm dem Brand zum Opfer, und nur neun Familien überlebten. Forschungen von Hermann Bauer aus dem 19. Jahrhundert halten dies für nicht schlüssig und übertrieben; unzweifelhaft ist jedoch, dass die Stadtkirche und „vielleicht ein ziemlich weiter Kreis von Häusern um dieselbe“ zugrunde gingen. Der Brand zerstörte auch das in einem Anbau der Stadtkirche untergebrachte städtische Archiv mit allen Dokumenten. Nach dem Brand zogen plündernde Soldaten der beiden Heere durch die Stadt.

Erst nach fast hundert Jahren war die alte Einwohnerzahl von fast 2000 wieder erreicht.

Französische Truppen durchzogen Aalen 1688 im Pfälzischen Erbfolgekrieg, jedoch ohne, wie andernorts, schwere Schäden zu hinterlassen, 1702 im Spanischen Erbfolgekrieg und 1741 im Österreichischen Erbfolgekrieg, in dem 1743 auch kaiserliche Truppen die Stadt passierten.

Der Turm der Stadtkirche stürzte 1765 ein, vermutlich weil beim Wiederaufbau nach dem Stadtbrand 1634 nicht ausreichend auf die Statik geachtet worden war. Der einstürzende Turm erfasste zwei Kinder des Turmwächters, die an ihren erlittenen Verletzungen starben. Die Stadtkirche selbst wurde zerstört, lediglich das Altarkreuz blieb erhalten. Die Schäden waren so groß, dass die Kirchenruine abgerissen werden musste; noch im selben Jahr wurde mit dem Neubau der Kirche in ihrer heutigen Form begonnen.

Am 22. November 1749 wurde in der neutralen Reichsstadt Aalen das Aalener Protokoll zwischen dem Herzogtum Württemberg und der Fürstpropstei Ellwangen unterzeichnet, das das Zusammenleben von Protestanten und Katholiken in Oberkochen regeln sollte.